Памятник расположен к северу от современного г. Самарканд на берегу р. Сиаб. Раннее поселение на месте Афрасиаба возникло около 2750 лет назад, что доказали археологические исследования, в результате которых найдены типичные для того времени строительные материалы и глиняные сосуды, а также подтверждено данными новейших датировок по распаду радиоактивного углерода. Город образовался путем слияния нескольких крупных поселений с развитыми ремеслами и земледелием, основанном на искусственном орошении. Следовательно, мы можем отнести его к числу древнейших городов мира.
Многолетние раскопки позволили проследить историю возникновения и развития урбанистического центра Зеравшана до разгрома его полчищами Чингисхана в 1220 г. после чего жизнь на Афрасиабе замерла. На протяжении ряда лет (1969-1972) «Проблемная лаборатория по историко-археологическому изучению городища Афрасиаб» истфака СамГУ под руководством М. Д. Джуракулова и Я. К. Крикиса проводила пло дотворные археологические работы в западной части памятника, хранящем историческую память Согдианы IX-XII вв. н. э.
Результаты исследования городища Афрасиаб – древнего Самарканда, являвшегося на протяжении тысячелетий одним из важнейших культурных центров Средней Азии, отражены в трех экспозиционных панелях музея.